Utilisation du logiciel MarvinSketch pour le dessin et la visualisation de molécules

Présentation complète et téléchargement sur le site d'origine (en anglais)

Exemple simple d'utilisation : dessin de la molécule d'acide éthanoïque

Cliquez sur le rectangle ci-contre pour accéder à la fenêtre principale du logiciel.

  • Liaison C-C : Enfoncez le bouton gauche de la souris en un point de la fenêtre. Déplacez la souris et relachez le bouton gauche.
  • Liaison C-O : Sélectionnez l'élément O dans la barre de menu. Placez le pointeur de la souris sur le C et enfoncez le bouton gauche. Déplacez la souris et relachez le bouton gauche.
  • 2° liaison C-O Recommencez comme précedemment.
  • Introduction de la double liaison : Placez le pointeur de la souris sur la liaison C-O à transformer. Cliquez.
  • Afficher les atomes d'hydrogène : Menu edit >add>explicit H atoms
  • Afficher le modèle 3D : Menu edit>clean>3D>Clean in 3D. Puis menu view>open 3D viewer
  • Modifier le mode d'affichage : Menu view >display et par exemple "ball and stick" pour afficher le modèle "boules et bâtons".
  • Sauvegarde du modèle : Menu file > save as . Puis choisir un format (mol par exemple c'est un des plus répandus) et enregistrez dans le dossier souhaité.
  • Sauvegarde d'une image de la molécule pour exportation dans un traitement de texte : menu file > save image. Choisissez un format (PNG par exemple). Puis sauvegardez dans le dossier souhaité.

Si tout a bien marché vous devriez obtenir des écrans comme ci-dessous.

TD biochimie structurale utilisant ce logiciel :

TD glucides : oses

Mise en ligne février 2005